肿瘤基因测序数据分析视频课程终于上架B站啦
不知道还有多少人记得上半年的活动:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》,可能是因为免费所以大家都不珍惜吧,实际上参加这个活动的人数还不到200 ,连一个微信群都装不满!!!
因为没有人跟我讨论,课程做的很没有意思,其实这个文章绝大部分篇幅都是生物信息学数据分析结果:包括mutation signature,病人的TMB and MSI 状态,SNVs和CNVs的突变全景图,非编码区域的突变意义,癌症相关通路的突变情况以及突变基因的靶向药情况讨论。我本来是计划出一个10小时教学视频,从肿瘤基因组测序开始到文章的那个接近600M的maf.csv文件,从508个病人的肿瘤SNVs信息到文献的5个主图,以及部分附图的代码实践过程!
但是计划赶不上变化,有一群不法分子拿我的视频去恶意贩卖,太打击我的知识创造和分享的积极性了。干脆把这个未完成版本视频丢在B站吧:
B站学习链接
官方链接是:https://www.bilibili.com/video/BV1Sy4y1S7pz/
目录如下:
01-文献解读_上 02-文献解读_下 03-多组学队列研究策略介绍 04-多位点取样研究策略介绍 05-认识肿瘤基因测序数据分析流程 06-认识maf格式的肿瘤somatic突变数据 07-基因突变的棒棒糖图 08-使用R包SomaticSignatures推断denovo的signature 09-使用deconstructSigs进行cosmic的30个signature推断 10-依据signature比例使用NMF对病人进行分组 11-两个signature体系的比较
不到3个小时啦,相信你马上就可以学习完毕。另外,大家可以去比较不同的肿瘤somatic突变的signature 看看这个留言。
交流模式我们变化一下
这次我不想组建群聊了,虽然前面绝大部分的NGS组学视频,都已经组建了**微信交流群, 有下面这些:
免费视频课程《RNA-seq数据分析》 免费视频课程《WES数据分析》 免费视频课程《ChIP-seq数据分析》 免费视频课程《ATAC-seq数据分析》 免费视频课程《TCGA数据库分析实战》 免费视频课程《甲基化芯片数据分析》 免费视频课程《影像组学教学》 免费视频课程《LncRNA-seq数据》 免费视频课程《GEO数据挖掘》
这次我们使用钉钉群:
“跟着百度李彦宏学习肿瘤基因测序数据分析”群的钉钉群号:33122139 ,可以自己去钉钉软件里面搜索这个钉钉群号:33122139 直接进,或者扫描下面的二维码!
钉钉群默认是禁言的哈,我们会在一些特殊的答疑时间段开放交流,代码以及数据都在思维导图哦,有任何课程反馈或者笔记,都可以发邮件给我,我的邮箱地址是 jmzeng1314@163.com
课程思维导图:https://mubu.com/doc/2Whkn5HVCGv
配套资料
当然是建议大家阅读原文:2020年5月12日,《细胞研究》(Cell Research)杂志在线刊载的一篇题为“Whole-genome sequencing of 508 patients identifies key molecular features associated with poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma”的文章中,署名单位为“Baidu”的作者“Yanhong Li”(李彦宏)为该文章的三位通讯作者之一。论文末尾还特别致谢李彦宏(百度)对该研究的慷慨支持。
以及看完我给这个课程配套的阅读材料啦:课程思维导图:https://mubu.com/doc/2Whkn5HVCGv (文末阅读原文即可直达这个思维导图,你应该是会感兴趣,而且我会持续更新哦!)